हालांकि जियोमेम्ब्रेन (जिसमें HDPE जियोमेम्ब्रेन शामिल है) व्यापक रूप से लैंडफिल लाइनिंग, तालाब, खनन, और अपशिष्ट जल उपचार के लिए उपयोग किया जाता है क्योंकि यह अभेद्य और टिकाऊ है, लेकिन कुछ नुकसान भी हैं:

• स्थापना चुनौतियाँ – जियोमेम्ब्रेन कुशल स्थापना की आवश्यकता होती है। गलत वेल्डिंग या सतह की तैयारी लीक का कारण बन सकती है।
• पंचर का खतरा – तेज वस्तुएं, जड़ें, या भारी उपकरण यदि सही तरीके से सुरक्षित न हों तो लाइनर को पंचर या नुकसान पहुंचा सकते हैं।
• यूवी संवेदनशीलता – सूर्य की लंबी अवधि की एक्सपोजर कुछ जियोमेम्ब्रेन प्रकारों को बिना सुरक्षात्मक कवर के खराब कर सकती है।
• तापमान सीमाएँ – अत्यधिक ठंड या उच्च तापमान लचीलापन और दीर्घकालिक प्रदर्शन को प्रभावित कर सकते हैं।
• मरम्मत की लागत – लीक का पता लगाना और मरम्मत करना जटिल और महंगा हो सकता है।

इन सीमाओं के बावजूद, जब सही तरीके से स्थापित और रखरखाव किया जाता है, तो जियोमेम्ब्रेन सबसे प्रभावी और लागत-कुशल समाधान में से एक रहते हैं, जो कंटेनमेंट और पर्यावरण संरक्षण के लिए हैं।